Radikálisan új motorkerékpárnak készült azt MT-09 még 2013-ban, és pillanatok alatt a Yamaha egyik ikonikus gépe lett belőle, csak Európában 250 000 Hyper Naked gépet értékesítettek a japánok. A 2021-es modellévre teljesen újratervezték az MT-09-est, a harmadik generáció könnyebb, nyomatékosabb és látványosabb lett.
Újfajta öntési eljárást fejlesztettek ki, hogy a nagyobb nyomatékú blokk terhelését elviselő Deltabox alumínium váz könnyebb legyen a korábbinál, a lengőkaroknál is ezt az új eljárást használják. Az újonnan tervezett alumínium váz, bölcső és lengőkar 2,3 kg-mal könnyebb, mint az elődje. A háromhengeres blokk furatát 3 mm-rel növelték meg, amitől 42 köbcentivel 889 köbcentire nőtt a lökettérfogat, a csúcsteljesítmény 119 lóerő (10 000/perc), a maximális nyomaték 93 Nm (7000/perc); a teljesítménygyarapodást az tartja kordában, hogy immár Euro 5-ös tisztaságúak a kipufogógázok.
Teljesen új üzemanyagellátó-rendszert készítettek a mérnökök, a befecskendezők közvetlenül a szívószelepekre juttatják az üzemanyagot a korábbinál jobb porlasztást érve el – 9%-kal javult az üzemanyag-hatékonyság. A pillangószelep elektronikus vezérlésű, azaz a kormánymarkolatnál jelfogó van, ami aztán dróton keresztül küldi a parancsot a fojtószelep villanymotorjának. Az új kipufogórendszer 1,4 kg-ot spórol, miközben olyan gázlengések jönnek létre benne, ami jellegzetes dübörgést eredményez. A váltóban az 1. és 2. fokozat áttételét megnyújtották, új a kapcsolóvilla, új anyagból készülnek a kuplungtárcsák. Préskovácsolás eljárással készülnek a felnik, az öntött kereket felmelegítik és nagy sebességgel megpörgetik, miközben görgőkön keresztül nyomást gyakorolnak a tárcsa peremrészére úgy, hogy vastagsága 2 mm-re csökkenjen; az első és a hátsó felni 700 g-mal könnyebb a korábbinál.
A külsőről minden fölösleges dolgot eltávolítottak, a fényszórót, a tartályt, az ülést és a kipufogót a motorhoz lehető legközelebb helyezték el. A kompakt felépítés és a csupasz külső 189 kg-os, a jelenleginél 4 kg-mal alacsonyabb saját tömeget eredményez. Hat tengelyes giroszkóp figyeli a gép mozgását és jelent a menetstabilizálónak, ami kipörgésgátlót, hátsó kerék megcsúszását gátló rendszert, egykerekezés-gátlót és fékvezérlő rendszert is tartalmaz; van mérsékelt és erőteljes beavatkozás mód, illetve teljesen ki is lehet kapcsolni az elektronikus felügyeletet. Az új Yamaha MT-09 három színben lesz kapható: Storm Fluo, Icon Blue és Tech Black, a szállítás 2021 márciusában kezdődik Európában.