Megnövelt méretű üzemanyagtartályt kapott a Hondajet II Elite, amelynek a hatótávolsága így 2865 km-re növekedett (az Elite és Elite S változatok hatótávolsága 2661 km), és a felszállótömeg is 5035 kg-re emelkedett. A pilóták dolgát az új kanyarodósegéd könnyíti meg, ami guruláskor segít a fordulóknál, leszálláskor az automata fékszárnyak csökkentik a fékutat. Feláras az Autothrottle nevű rendszer, amely a kívánt utazási módhoz igazítja a hajtóművek vezérlését, az Emergency Autoland rendszer vész esetén magától képes leszállítani a repülőt.

A Hondajet II Elite belsejét két hangulatban kínálják, az Onyx esetén a szürke kárpitokat fa betétekkel kombinálják, míg a Steel esetén márványt adnak, a padlóra minden esetben keményfa parketta kerül, halszálka mintában lerakva. A pilóta és a másodpilóta ülésének sínjét 7,5 cm-rel megnyújtották, azaz ennyivel növekedett az állítási tartomány. Nincs változás a technikában, a Hondajet II Elite ugyanazokat a GE Honda HF120-as hajtóműveket használja, mint testvérmodelljei, utazósebessége változatlanul 782 km/óra.