A hatvanas évek elején Burkard Bovensiepen kettős Weber karburátorral szerelt szívósort fejlesztett a BMW 1500-as számára, ami a gyár is felfigyelt, 1964-ben pedig megkötötték a megállapodást, miszerint az Alpina által tuningolt autókra érvényes a gyári garancia. Magát a céget 1965-ben alapították 8 alkalmazottal, az első telephely a korábbi családi vállalkozás, az Alpina írógépgyár egyik csarnokában volt. A szívósorok gyártásával és hengerfejek átalakításával foglalkozó 70 fős cég 1970-ben költözött Buchloe-ba, ez volt a cég legsikeresebb éve a versenysportban, hiszen ebben az évben többek között megnyerték az Európai Túraautó Bajnokságot, a Német Hegyiverseny Bajnokságot, a Spa-i 24 órás futamot.

1983-ban szerezték meg a jogot alvázszám kiadására, tehát innentől kezdve önálló autógyárnak számít az Alpina, 1988-ban alakították ki a máig meglévő gyártási rendszert, a kézzel összerakott Alpina-erőforrásokat a BMW gyárakban építik be a karosszériába, majd a félkész autókat az Alpina műhelyében fejezik be kézi munkával. A manufaktúra életében a BMW Z8-ason alapuló V8 roadster jelentett fordulópontot, amíg az eredeti konstrukció 400 lóerős V8-as kapott 6 fokozatú kézi kapcsolású váltóval és kemény hangolással, addig az Alpina-változat 4,8 literes V8-asa csak 381 lóerős és 5 fokozatú automatikus váltót használt, lágyabb futóműhangolást és ballonosabb gumikat is kapott. Ez volt az első Alpina típus, amelyet az Egyesült Államokban a BMW-márkakereskedésekben árultak, és azóta is így van ez.

Az Alpina számára 2021 volt az eddigi legsikeresebb éve, de a Bovensiepen család felismerte, hogy az autóipar új kihívásaira már nem feltétlenül tud majd reagálni a manufaktúra, ezért kötött adásvételi szerződést a BMW-vel. Amint a jelenleg érvényben lévő, 2025. december 31-ig érvényes együttműködési szerződés kifut, az Alpina autógyár és márkanév átkerül a BMW tulajdonába. A gyár megtartja a Buchloe-i üzemet, ahol továbbra is az ügyféligényeknek megfelelően fejezik be az autókat, az igazi változást az jelenti majd, hogy benzin- és dízelmotorok mellett már elektrifizált és elektromos hajtások is lesznek majd az Alpina-kínálatban. Persze csak akkor, ha azt akarják, nem is olyan rég még az volt a hír, hogy az Alpina-vevőket nem érdekli az elektromos hajtás, mert számukra az nem életképes – jellemzően a német autópályán sokat közlekedő üzletemberek veszik az autókat, akik nem akarják állandóan megszakítani utazásukat akkumulátor-töltés miatt.