A harmincas évektől kezdve a Škoda gyár kínálatának fontos eleme volt a kombi, amelynek az utolsó klasszikus felépítésű képviselője az 1959-ben bemutatott Octavia Combi volt, amelyet aztán csak 1961-ben kezdtek el gyártani az 1201 STW utódaként. De ezzel párhuzamosan egy másik járművön is dolgoztak a cseh fejlesztők.

1959. tavaszán kezdték el a farmotoros 1000MB fejlesztését, és 1961. októberére készült el az az 50 prototípus, amelyeket különféle teszteknek vetettek alá. Az egyik autót, szám szerint a 34-es számú NOV (nový osobní vůz – új személyautó) autót utólag kombivá építették át, miután már 31 ezer kilométert tekertek bele a fejlesztők. A legnehezebb feladatnak a motor elhelyezése bizonyult, végül balra fektették le a négyhengeres alumínium blokkot, jobbra helyezték el a vízhűtőt. A motor felett a hátsó ülések lehajtása után 1,6 méteres tárgyakat lehetett szállítani, igaz, a terhelhetőség szerény volt, a négy darab 75 kg-mal számolt utas mellett csak 80 kg maradt a csomagoknak – amelyből előre is lehetett pakolni. A saját tömeg mindössze 811,5 kg volt, ennek 61%-a terhelte a hátsó tengelyt.

1963. májusában és júniusában egy háromhetes tesztprogram során 7000 km-t tettek meg a kombival a fejlesztők, 74 km/órás átlagsebesség mellett 7,6 l/100 km-es átlagfogyasztást regisztráltak, a 988 köbcentis, 42 lóerős motorral 115 km/órás csúcssebességet tudott elérni a Hajaja. A teszt során a konstrukció két fontos hiányosságára derült fény, egyfelől a karbantartást nagyon megnehezítette a hátsó rész átrendezése, de ennél sokkal nagyobb baj volt, hogy gondok voltok a motor hűtésével a szűk és zárt motortér miatt. Mivel alig három évvel korábban dobták piacra az Octavia Combit, úgy ítélte meg a cégvezetés, hogy nem fordít több erőforrást a farmotoros kombira, így az nem lett része az 1964-ben piacra dobott 1000MB választéknak. A történelem fintora, hogy az Octavia Combi még az 1000MB-t is túlélte, hiszen egészen 1971-ig gyártásban maradt, és összesen 54 086 példány hagyta el a Kvasiny-i gyárat.